Bisher bestand bei den rezessiven Defektgenen das Problem, dass die Trägertiere mit herkömmlichen Methoden unerkannt blieben und ihre krankmachenden Gene in ihrer Population verteilen konnten bevor sie entdeckt wurden. Heute können Trägertiere bereits als Welpe erkannt werden bevor sie zur Zucht verwendet werden.

Der Molekulargenetik stehen zwei Methoden zur Verfügung, die direkte und indirekte. Bei der direkten Gendiagnostik wird das Defektgen selbst erkannt. Bei der indirekten Methode ist nicht das Defektgen selbst bekannt, sondern ein längerer DNA-Abschnitt in dem sich das Gen befindet. Die indirekte Methode bietet ebenfalls einen hohen Zuverlässigkeitsgrad, jedoch bleibt eine Restunsicherheit.

Leider bietet die Gendiagnostik erst für einen Teil der Defektgene Tests an, weil die Genorte für krankmachende Gene längst nicht alle bekannt sind. Es bedarf weiterer zeit- und kostenaufwändiger Forschungsarbeit.

Die genetische Vielfalt einer Rasse ist zu deren Gesunderhaltung zwingend erforderlich. Früher war man auf Stammbaumanalysen angewiesen. Das setzt aber voraus, dass die Stammbäume korrekt erstellt werden, was leider nicht immer der Fall ist. Die Gendiagnostik bietet die Möglichkeit von den Tieren mittels Mikrosatelliten DNA-Profile zu erstellen und Rückschlüsse auf deren Homozygotiegrad zu ziehen. Liegen von einer Rasse genügend DNA-Profile vor, lässt dies Berechnungen des Homozygotiegrades zu.

Das Verfahren lässt keine Rückschlüsse auf einzelne Defektgene zu, da die Mikrosatelliten keine Erbinformationen tragen. Es ist aber ein sehr bewährtes Verfahren um festzustellen wie weit der Inzuchtgrad der Rasse fortgeschritten ist und für die Gesundheit der Rasse bedrohlich wird. Die Molekulargenetik wird die früheren Berechnungsmethoden zur Abschätzung des Inzuchtgrades in Zukunft ablösen.